По старой традиции главным героем станет наш старый знакомый по имени Линк. Ему вновь предстоит спасти мир, полагаясь на свой верный меч и смекалку. Разработчики расширили концепцию классической экшн RPG и добавили в SpiritTracksвозможность управления врагом. Отныне, супостата можно взять под контроль и заставить его сражаться против других противников. Таким же образом решается множество головоломок, игроку просто нужно нарисовать стилусом траекторию движения подконтрольного врага и тот выполнит желаемое действие. Из нововведений стоит отметить появление разветвленной сети железных дорог, которые охватывают весь мир игры. Линк сам сядет на место машиниста паровоза, который снабжен огромной пушкой. Вооружение на поезде установлено не зря, оно поможет расчищать дорогу от назойливых врагов.